Pendaftaran sangat penting artinya bagi para pihak, karena jika suatu kapal hendak dijadikan objek jaminan hutang maka kapal tersebut harus sudah terdaftar. Jika berat kapal 20 M³, namun tidak didaftarkan, maka kapal tersebut dianggap benda bergerak sehingga penjaminannya menggunakan lembaga fidusia atau gadai. Pengaturan mengenai pendaftaran kapal awalnya ada dalam Staatsblad 1933-48 kemudian diganti oleh UU pelayaran Tahun 1992, dan kini tahun 2008 telah diundangkan UU tentang Pelayaran yang baru menggantikan UU tersebut di atas (UU no.17/2008).

Berikut tahapan dan syarat-syarat pendaftaran kapal di Indonesia:

Permohonan pendaftaran diajukan kepada Pegawai Balik Nama (pejabat pendaftar kapal)dengan disertai dokumen sebagai berikut:

1. Surat Ukur yang diberikan menurut ketentuan hukum yang berlaku.
2. Akta penyerahan pembuatan kapal/surat pembelian kapal/surat tanda bukti kepemilikan lainnya
3. Pendaftaran kapal untuk penggunaan kapal sebagai kapal laut/kapal penangkap ikan laut atau kapal sungai
4. Jika pendaftaran sebagai kapal laut/kapal penangkap ikan laut, maka perlu tambahan dokumen berupa:
   - keterangan dari pemohon bahwa kapal tersebut adalah kapal Indonesia menurut ketentuan 311 KUH Dagang, yaitu kapal yang dapat dibuktikan sebagai kapal Indonesia berdasarkan surat-surat laut dan pas-pas kapal (baik pas tahunan maupun pas kecil)
   - Surat-surat lainnya yang diperlukan untuk penetapan kebangsaan kapal.

Berdasarkan permohonan tersebut Syahbandar (pejabat pendaftar kapal) akan membuat akta pendaftarannya dan kepada pemilik kapal diberikan salinan pertama pendaftaran /grosse akta pendaftaran (de grosse van de acte can teboekstelling), apabila pemeriksaan data surat dan pihak membuktikan kebenaran kepemilikannya, dan telah memenuhi semua persyaratan.

Pendaftaran dapat dilakukan ditemapt yang dikehendaki oleh yang berkepentingan, namun setelah didaftarkan dan tercatat di suatu tempat, maka pendaftaran tersebut tidak dapat dipindahkan ke tempat lain.

Pendaftaran tersebut dapat dicoret apabila:

• Kapal karam atau dibajak oleh pihak tertentu
• Kapal dibongkar
• Kapal laut/ kapal penangkap ikan laut kehilangan sifat sebagai kapal Indonesia

Pendaftaran ini menganut stelsel negatif jadi nama yang tercantum dalam daftar belum tentu menunjukkan sebagai pemilik kapal yang bersangkutan. Jadi pemilik yang sebenarnya sewaktu-waktu dapat mengajukan haknya kepada yang berwenang.